深圳市南方电子口岸有限公司是按照国务院“大通关”会议以及《海关总署与深圳市人民政府关于合作建设深圳电子口岸的备忘录》等有关文件精神，为推动深圳市现代物流业的进一步发展，优化物流产业环境，全面提高通关效率和物流业服务水平，由海关总署、深圳市政府和深圳海关推荐代表机构共同出资成立的经济实体，属国资企业。
公司注册资金1000万元，主要负责深圳电子口岸平台的建设和运营工作。主营业务是以深圳周边的进出口加工企业、物流企业和港口企业为主要服务对象，以口岸物流通关信息和电子商务统一平台的设计、开发和运营为核心，涉及口岸物流和国际贸易两大行业内各个环节（包括海关、其它政府部门和企业）的信息技术开发和应用服务，努力构筑联接政府/政府、政府/企业、企业/企业的统一公共信息平台，促进信息技术在国际经贸领域各方面的应用和发展。
公司将通过整合深圳市原有EDI通关服务业务、市场和客户资源，形成更强大的技术、管理和服务团队，同时，还将配合深圳海关通关作业改革，陆续开发出适应新的通关作业需求的物流通关服务项目，以更先进便捷的手段为更多的用户提供一流的服务。
在未来几年内，公司将努力把深圳电子口岸平台建设成为一个门户入网、一次认证登录和一站式服务等功能、集口岸通关执法管理及相关物流商务服务为一体的大通关统一信息平台，使口岸执法管理更加严密、高效，使企业进出口通关更加有序、便捷，全面提升深圳物流产业综合竞争力。